工程实验室主要致力于种养废弃物（农业生产、农产品加工、畜禽养殖业和农村居民生活排放的废弃物的总称）的无害化处理技术与资源化利用技术的研发、示范与推广。实验室下辖畜禽废弃物生物处理新技术、新工艺研究及其开发和应用课题研究组、种植业废弃物秸秆资源化处理课题研究组、功能复合微生物技术的研究及规模化生产课题研究组等研发课题组。实验室研发团队现有泰山学者1 人，研究员9 人，博士学历4 人，硕士学历15 人。目前“病死畜禽无害化处理微生物制剂”、“规模化养猪水泡粪工艺的粪水的复合微生物处理技术”、“禽业粪水资源化利用技术”科研项目已开发推广。